Недостаци микро пумпи углавном укључују следеће аспекте:
1. Ограничења услова рада
Не може дуго да ради без воде: микро пумпу је лако спалити у стању недостатка воде, углавном зато што ће пумпа у празном ходу или у сувој ротацији, мотор и механички делови бити оштећени недостатком подмазивања и хлађења.
Недовољан самоусисни капацитет: неке микро-пумпе немају капацитет самоусисавања и морају бити потопљене или инсталиране испод нивоа течности да би нормално радиле, што ограничава сценарије њихове употребе.
Друго, перформансе и ефикасност

Ограничени излазни притисак: Излазни притисак (напор) микро-потопне пумпе обично није висок, тако да је погоднији за случајеве великог протока и ниског притиска.
Проблеми са буком: Иако неке микро-пумпе као што су ДЦ пумпе без четкица раде добро у смислу тишине, још увек постоје неки производи са великим проблемима буке, посебно при великим брзинама.
Одржавање и трошкови
Високи трошкови одржавања: За неке типове микро пумпи, као што су ДЦ пумпе без четкица, трошкови одржавања могу бити високи због њихове сложене конструкције. Поред тога, у случају квара може бити потребно професионално одржавање.
Виша цена: У поређењу са неким традиционалним пумпама, цена производње микро пумпи је већа, што такође доводи до њихове релативно високе продајне цене.
4. Остали недостаци
Лако за ношење: За микро-пумпе које користе угљене четке за вожњу уназад, угљеничне четкице ће се истрошити са повећањем времена употребе, што ће резултирати појачаним звуком или чак кваром.
Проблем са резонанцом: У неким случајевима, фреквенција вибрације мотора микро-пумпе може бити иста или блиска фреквенцији вибрације оквира или околних пластичних делова, што доводи до појаве резонантног феномена.

